QES ist die einzige elektronische Signatur, die vor dem Gesetz einer handschriftlichen Unterschrift gleichgestellt wird und das deutsche Schriftformerfordernis laut § 126 BGB erfüllt. Sie ist daher besonders für Dokumente mit gesetzlichen Auflagen und hohem Haftungsrisiko geeignet.

Die Qualifizierte Elektronische Signatur hat noch weitere Sicherheitsmaßnahmen, die die anderen beiden Signaturebenen nicht aufweisen: Unterzeichnende müssen unmittelbar vor dem Leisten der Unterschrift eindeutig identifiziert werden.

Hierfür können unter anderem zwei Methoden verwendet werden: das VideoIdent- und das AutoIdent-Verfahren.

Dokumenten mit gesetzlichen Auflagen und hohem Haftungsrisiko erfordern jedoch eine Qualifizierte Elektronische Signatur. Solche Dokumente sind in allen Rechtszweigen zu finden:

• Im Arbeitsrecht bedürfen z.B. befristete Arbeitsverträge der QES.
• Im Immobilienrecht erfordern, unter anderem, befristete Mietverträge die Qualifizierte Digitale Unterschrift.
• Im Handelsrecht sind Quittungen ein Fall für die QES.
• Im Gesellschafts- und Bürgerrecht müssen Jahresabschlüsse, Lageberichte o.Ä. mit einer Qualifizierten e-Signatur unterschrieben werden.
• Im Versicherungsrecht zählen Lebensversicherungen zu Dokumenten, die die QES erfordern.
• Im Finanzrecht sollten Verbraucherdarlehensverträge per Qualifizierter e-Signatur signiert werden.
• In vielen anderen Bereichen bedarf es außerdem der QES, wie z.B. für das Unterschreiben von SIM-Karten-Freischaltungen.

Grundsätzlich ist es so, dass die Qualifizierte Elektronische Unterschrift aufgrund ihres hohen Sicherheitsstandards im Vergleich zu den beiden anderen Signaturniveaus etwas kostspieliger ist. Yousign garantiert beispielsweise all seinen Kunden, dass die QES vor Gericht rechtssicher ist und übernimmt Schadensfälle in unlimitierter Höhe, falls es zu einem Rechtsstreit kommen sollte. Sie können sich dies wie eine Art Versicherungsprämie vorstellen, die in dem Preis einer QES enthalten ist.

Außerdem sind die Kosten einer QES abhängig von dem Verfahren, das für die Identifizierung der Unterzeichner:innen verwendet wird. Während eine Identifizierung mit dem AutoIdent-Verfahren nur circa 9 bis 12 € kostet, fällt bei der VideoIdent-Methode ein Betrag von ungefähr 15 bis 18 € pro Identifizierung an.

Die europäische Verordnung über die elektronische Identifizierung und vertrauenswürdige Dienste für elektronische Transaktionen (kurz: eIDAS-Verordnung) definiert drei Stufen der elektronischen Signatur:

- die Einfache Elektronische Signatur
- die Fortgeschrittene Elektronische Signatur
- die Qualifizierte Elektronische Signatur

Auf den ersten Blick ist es schwierig, eine Qualifizierte Elektronische Signatur zu erkennen und von einer eingescannten oder abfotografierten Signatur zu unterscheiden. Auch von anderen Formen der digitalen Unterschrift ist die QES optisch nur schwer abzugrenzen.

Die visuelle Signatur auf einem Dokument verrät nämlich erstmal nichts darüber, um was für eine Art von Unterschrift es sich handelt. Das Abbild der Unterschrift hat ohnehin nur einen rein symbolischen Wert und müsste im Grunde genommen gar nicht angezeigt werden. Was hingegen zählt und rechtlichen Wert hat, ist das Zertifikat, das mit der Unterschrift zusammenhängt.